عبارة عن قواعد بيانات ببلوجرافية خاصة بالوثائق الموجودة بالمكتبة تتم عبر الاسترجاع الآلي للبيانات الوصفية لكل وثيقة وتشمل عنوان الوثيقة، المؤلف، بيانات النشر بالإضافة إلى حقل الكلمات المفتاحية حيث يتم تكشيف الوثيقة باستخدام المكنز الزراعي (AGROVOC) و تصنيف (AGRIS/CARIS). يوجد بالمكتبة عدد من قواعد البيانات: وهي:

• قاعدة بيانات أكادي ACADI وتعتبر القاعدة الرئيسية تحتوي على البيانات الببليوغرافية لمقتنيات المكتبة.
• قاعدة بيانات الخبراء Experts والتي تحتوي على بيانات السير الذاتية للخبراء العرب في مجال العلوم الزراعية.
• قاعدة بيانات أنشطة المنظمة.
• قاعدة المعجم الزراعي العربي DIC.
• قاعدة بيانات توزيع إصدارات المنظمة Mgmail.

وينتهج في إدارة قواعد البيانات هذه برمجيات الــ CDS/ISIS و WEB-ISIS